一、两者依据的法律不同
软件的著作权保护依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》；软件的专利保护依据《专利法》，具体审查标准参见国家知识产权局专利《审查指南》第二部分第九章“涉及计算机程序的发明专利申请审查若干问题”。
二、两者的保护原则不同
软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。
软件专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为原则。
三、两者保护的客体不同
软件著作权申请提交的资料是源代码及用户操作手册，所以软件著作权保护的是表现形式，不保护思想。
这样就有可能出现竞争对手将你的软件进行研究，然后改变编程语言，达到的结果是一样的，但由于代码不相同，所以不侵犯著作权。
软件专利则不同，在申请时描述的是软件的设计构思（注意一定要以技术方案的形式表现，或者最好能够结合硬件来表现），包含了软件流程图的内容，而不是主要说明采用哪种程序语言实现。一旦获权后，他人只要采用了软件专利的设计构思或方案，就可能构成侵权。
四、两者的申请通过率不同
软件著作权实行的是登记制，一般不需要经过实质审查，只要形式审查时提交的材料符合要求，并且不违反《著作权法》的规定即可获权，登记通过率极高。
软件专利需要经过形式审查和实际审查。
形式审查主要是审核专利材料是否符合申请要求，形式审查通过后就会公开，再进入实质审查，审核该专利是否符合《专利法》的要求，并且要满足新颖性，创造性，实用性等诸多要求。
一般纯软件型的专利不易获权，通过软硬件结合的方式会提高其授权率，但总得来说通过率依然不高。
五、两者保护期限和维护费用不同
软件著作权根据其法律规定的相关著作权保护期为作者有生之年加死亡后50年；法人及其它组织的作品，其法律规定的相关著作权的保护期为50年。费用方面只会缴纳前期的申请费，后续不会有维护的费用。
一般来说软件专利只能申请发明专利，保护期限从申请日起算20年。并且发明专利每年都需要缴纳年费，过期不缴纳即视为放弃专利权。
六、两者优缺点不同
软件著作权可以不用公开就受到保护，并且能够让创作者快速地获得著作权保护，普通登记一般4个月左右授权，采用加急申请软件著作权最快能一个工作日授权。能够让著作权人快速抢占市场，拿到政府相应的资助。但是软件的进步相应来说是较快的，所以在申请的过程中的有可能就错过了软件市场。
软件专利必须以公开换保护，发明专利申请时间是1~2年，一般不能采取加急形式。但是专利保护的是设计构思和方案，所以保护的力度更强，并且专利还可以提出一些现在不能实现的专利，等到技术发展了能够实现该专利了，再以许可的方式去获得收益，很多大公司的专利储备就是按照这种方式来的。
